Analīzes, pakalpojumi, konsultācijas

Molekulārā bioloģija

• Nukleīnskābju izolēšana no dažādiem audiem
• Vīrusu klātbūtnes, slodzes un aktivācijas noteikšana
• PCR metodes

HHV-6 un HHV-7 diagnostika

• Ģenētiski pārmantota vīrusa noteikšana (HHV-6A, HHV-6B, HHV-7)
• HHV-6 reaktivācijas noteikšana, analizējot vīrusu miRNS audu biopsijās, izmantojot fluorescences in situ hibridizāciju (FISH)

Vienas šūnas RNAseq (paraugu sagatavošana (gan atsevišķi, gan multipleksēti paraugi), bibliotēkas sagatavošana, sekvencēšana (pēc izvēles)

• Vienas šūnas RNAseq
• Vienas šūnas ATACseq
• Vienas šūnas SLAMseq
• Viena kodola RNAseq

Kopējā RNAseq (parauga sagatavošana, bibliotēkas sagatavošana, sekvencēšana (pēc izvēles)

• Lielapjoma SLAMseq

Southern-, Northern Hybridization (radioaktīvās metodes)

• miRNS noteikšana un raksturošana
• mRNS un nekodēta RNS noteikšana un raksturošana
• DNS noteikšana

Plūsmas citometrija / imunoloģija

• Šūnu analīze – skaitīšana, fenotipa noteikšana (membrānas marķieri, iekššūnas marķieri), daudzparametru analīze, šūnas cikla analīze
• Šūnu sortēšana pēc lieluma, fenotipa
• Citokīnu, hemokīnu noteikšana plazmā, serumā, šūnu supernatantā (Luminex200, Varioscan, BD FACS Aria III)
• Biomarķieru analīze onkoloģijā un imunoloģijā, izmantojot plūsmas citometriju un šķidrumu profilēšanu

Šūnu kultūras / analīze

• Mononukleāro šūnu izdalīšana
• Šūnu uzturēšana kultūrā (eikariotu šūnas)
• 3D organoīdu kultūras
• Šūnu kultūras hipoksijas apstākļos
• Šūnu dzīvotspēja / citotoksicitāte
• BH3 profilēšana zāļu atbildes reakcijas novērtēšanai

Mikroskopēšana

• Konfokālais mikroskops
• Platlauka fluorescences mikroskops

Šūnu izolēšana no pacientu bioloģiskajiem paraugiem, kultivēšana, kriokonservēšana

• Šūnu līniju ģenerēšanai
• Ģenētiskā materiāla saglabāšanai un pavairošanai
• Materiāla sagatavošanai vienas šūnas sekvencēšanas pakalpojumiem
• Funkcionāliem in vitro testiem / fenotipa mērījumiem

Šūnu kultivēšana un šūnu līniju izolēšana no pacientu šūnu kultūrām

• Katalogos (ATCC, DSMZ) pieejamo šūnu līniju kultivēšana
• Fibroblastu šūnu līniju izolēšana no ādas biopsijas materiāla
• Vēža šūnu kultūru / līniju ģenerēšana no audzēju biopsijas materiāla:
  • divdimensionālās, tradicionālās adherentās / suspensijas šūnu līnijas
  • histotipisku organoīdu kultūru ģenerēšana

Izolēto šūnu kultūru / līniju identificēšana un raksturošana

• Mikoplazmu noteikšana ar PCR
• Izcelsmes audiem / audzējam raksturīgo marķieru noteikšana (imūnfluorescences mikroskopija)

Funkcionālie un bioloģiskie šūnu testi – šūnu līniju, savienojumu, biomateriālu, nanomateriālu raksturošanai

• Dzīvotspējas / citotoksicitātes testi
• Reaģētspējīgo radikāļu veidošanās (ROS) testi
• Šūnas cikla analīze

Šūnu kultūru izolēšana un šūnu līniju ģenerēšana no pacientu bioloģiskā parauga, kriokonservēšana, raksturošana

Attēlu apstrāde un analīze

• Ar mākslīgo intelektu balstīta attēlu analīze biomedicīnas un patoloģijas pētījumiem
• Vienas šūnas proteomikas attēlu apstrāde
• Mikroskopijas attēlu segmentēšana un kvantitatīva noteikšana
• Telpiskā transkriptomika un proteomikas analīze

Bioinformātika un datu zinātne

• Omics datu integrācija un analīze (proteomika, genomika, transkriptomika)
• Statistiskā modelēšana un mašīnmācīšanās biomedicīnas datiem
• FAIR datu pārvaldība un metadatu standartizācija

Biometriskie un mākslīgā intelekta risinājumi

• MI vadīti stresa noteikšanas rīki (multimodāla biometrija: seja, balss, varavīksnene)
• Diagnostikas rīki ar mākslīgā intelekta palīdzību

Konsultācijas un apmācība

• Bioattēlu apstrādes apmācība (Python, OpenCV, QuPath, Fiji/ImageJ)
• Pētījumu metodoloģijas un statistiskās analīzes apmācība