Vebinārs "Metabolome & Microbiome Data Analysis"

12. maijā notiks Doktorantūras skolas rīkotais kārtējais vebinārs bioinformātikā, multiomikā un personalizētajā medicīnā.

4. vebinārs. Metabolome & Microbiome Data Analysis

In this lecture, we will first talk about metabolomics - the study of small molecule metabolites, our main focus being the intermediates and products of metabolism in clinically important biofluids and tissue types, their identification and quantification using liquid chromatography/tandem mass spectrometry and the bioinformatics analyses pipelines of these data. In the second part, we will explore the human gut microbiome, briefly considering its qualitative and quantitative composition and the different environmental factors (e. g., our diet and medications) and disease states that can influence it. We will compare two different high-throughput analyses approaches of the microbiome and their state-of-the-art bioinformatics analyses pipelines: 16S rRNA amplicon sequencing allowing the taxonomic profiling of bacteria vs. shotgun metagenomic sequencing, enabling both taxonomic and functional profiling of all microorganism classes (bacteria, archaea, protozoa, algae, fungi, viruses, and helminths).

Lektore

Dr. Baibai Vilnei ir vairāk nekā 10 gadu pieredze uz personalizēto medicīnu orientētajā bioinformātikā, analizējot genoma datu (čipus, VES / VGS), transkripcijas un mikrobioma datus. Viņas galvenais fokuss ir integratīvā multiomikas datu analīze, sākot no divu tipu datu integrācijas (piem., ekspresijas kvantitatīvo pazīmju lokusi; eKPL), kam seko gēnu koekspresijas tīklu / moduļu detekcija, saistot tos ar klīniskajiem, kā arī vides un dzīvesveida informāciju.