Apakšpopulāciju heterogenitāte un mikrovides iesaiste kā limfomas ārstēšanas rezistences rādītāji (SYMMETRY)
Apraksts
Lai gan ir zināms, ka pacientu heterogenitāte (dažādu audzēju heterogenitāte) ietekmē vēža terapijas efektivitāti, lielākajā daļā personalizēto terapiju nav ņemta vērā audzēja iekšējā heterogenitāte (intra-tumour heterogeneity, ITH). Jaunās šūnu omikas analīzes pirmo reizi nodrošina iespēju molekulārā līmenī noteikt un raksturot abu veidu ITH: ģenētisko un neģenētisko.
Projektā Apakšpopulāciju heterogenitāte un mikrovides iesaiste kā limfomas ārstēšanas rezistences rādītāji (Subpopulation heterogeneitY and MicroenvironMental Engagement as predictors for Treatment Resistance in lYmphoma, SYMMETRY) pētnieki lietos dzīvotspēju nodrošinošā veidā sasaldētu atsevišķu, no limfmezglu biopsijām izolētu šūnu šķīdumus, lai rūpīgi raksturotu limfomas apakšpopulācijas un to mikrovidi. Sākumā mēs lietosim CITE-Seq, kas vienlaicīgi raksturo atsevišķu šūnu transkriptomu un virsmas proteomu, augstā izšķirtspējā atklājot ITH. Limfomas apakšpopulācijas ar izteikti atšķirīgu transkripcijas profilu tiks izolētas, izmantojot CITE-Seq informētas plūsmas citometriju, kam sekos genoma sekvencēšana, detalizēta proteomikas un ex vivo jutīguma pret zālēm profilēšana.
Multiomikas dati, kurus ģenerēs, izmantojot svaigi sasaldētus paraugus, tiks izmantoti, lai noteiktu minimālo parametru skaitu ITH raksturošanai. Šī marķieru grupa tiks izmantota, lai, lietojot multipleksētu imūnfluorescenci, noteiktu formalīnā fiksētu ar parafīnu piesūcinātu (formalin fixed paraffin embedded, FFPE) paraugu ITH, kas ļaus, ja rezultāts ir pozitīvs, izpētīt ITH parastajos klīniskajos paraugos. Audzēju šūnu populāciju transkriptoms FFPE paraugos tiks pētīts, izmantojot digitālo, telpisko profilēšanu (digital spatial profiling, DSP), un FFPE limfomas paraugu genoms un proteoms tiks pētīts, izmantojot lāzertveršanas mikroskopiju (laser microcapture microscopy), kam sekos sekvencēšana vai proteoma analīze.
Šajā konsorcijā iegūtos datus izmantos, lai attīstītu automatizētu analīžu konveijeru, kas vērtēs ITH pakāpi standarta klīniskajos paraugos un kas būs piemērojams limfomas slimnieku stratifikācijai atbilstoši riskam.
Pētījuma rezultāti demonstrēs, kā pārvarēt moderno vienas šūnas metožu ierobežoto lietojumu standarta diagnostiskajā FFPE materiālā, un veicinās rīku vēža slimnieku stratificēšanai attīstību.
Projekta vadošais partneris: Heidelbergas universitātes slimnīca (Vācija).
Projekta partneri: Rīgas Stradiņa universitāte, Heidelbergas universitātes slimnīca, Hanoveres evaņģēliski luteriskā baznīca (Evang. Landeskirche Hannovers), IRCSS Nacionālais vēža institūts (Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Tumori), Oslo Universitāte, Single-Cell Technologies Ltd., Karolinskas institūta laboratorija (Karolinska Institutet, Science for Life Laboratory).
