.
Methods, Tools and Equipment
Genomic data
- PLINK
- SNPTEST
- BWA-MEM
- GATK4
- DeepVariant
- VarScan
- Mutect2
- BreakDancer
- ANNOVAR
Transkriptome data
- FastQC
- Trimmomatic
- STAR
- featureCounts
- edgeR
- LIMMA
- DESeq2
- ToppFun
Microbiome data
- FastQC
- Trimmomatic
- QIIME2
- BMTagger
- Kraken
- PROKKA
- MetaWRAP
Exploratory analyses and visualisation
- R
- Tidyverse
Medical image analyses
- oro.dicom
- oro.nifti
- spm12r
- neurobase
- oro.dti
- Neuroconductor
Data integration
- Correlation analyses (Pearson)
- Co-expression networks (WGCNA)
- Machine Learning (caret)
Datu analīzei un glabāšanai laboratorijai ir pieeja Rīgas Tehniskās universitātes (RTU) augstas veiktspējas skaitļošanas serveru klāsterim, kas sastāv no 55 mezgliem un 1200 kodoliem, nodrošinot 8 TB kopējās RAM (brīvpiekļuves atmiņas) un 238 TB cietā diska vietas.
